El Real Monasterio de San Zoilo, que perteneció a los Franciscanos Observantes, fue el primero que se fundó en la ciudad después de la conquista a los musulmanes el año 1410. Los Reyes Católicos, por una real cédula dada en Granada el 18 de septiembre del año 1500, concedían licencia a la ciudad para que ésta cediera 700 varas de terreno en el que poder levantar el monasterio y la huerta. Por su parte los monarcas aportaron la cantidad de 600.000 maravedís para las obras, que parece duraron desde el año 1503 a 1515. La espadaña mayor se hizo en gran parte de una limosna de la ciudad –de 300 ducados-, autorizada por el Rey Felipe III en una real cédula de 25 de enero de 1599. La portada de piedra, con arco campanel y archivoltas, es de un gótico muy tardío y se decora con el cordón franciscano.
El interior responde al esquema de templo de orden mendicante de la época, de nave cubierta con armadura de madera y capilla mayor con bóveda de crucería gótica, aunque todo ello fue remodelado en el s. XVII con yeserías de estilo manierista, realizadas por el maestro Francisco Gutiérrez.